食品认证范围包括种植、养殖和加工的全过程。食品认证的一般程序包括：生产者向认证机构提出申请和提交符合生产加工的证明材料，认证机构对材料进行评审、现场检查后批准。
认证程序：
申请1) 申请人向分中心提出正式申请，领取《食品认证申请表》和交纳申请费。
2) 申请人填写《食品认证申请表》，同时领取《食品认证调查表》和《食品认证书面资料清单》等文件。 3) 分中心要求申请人按本标准 4 的要求，建立本企业的质量管理体系、质量保证体系的技术措施和质量信息追踪及处理体系。预审并制定初步的检查计划1) 分中心对申请人预审。预审合格，分中心将有关材料拷贝给认证中心。
2）认证中心根据分中心提供的项目情况，估算检查时间（一般需要2次检查：生产过程一次、 加工一次）。 3) 认证中心根据检查时间和认证收费管理细则，制定初步检查计划和估算认证费用。 4) 认证中心向企业寄发《受理通知书》、《食品认证检查合同》(简称《检查合同》)并同时通知分中心。签订食品认证检查合同1) 申请人确认《受理通知书》后，与认证中心签订《检查合同》。
2 ) 根据《检查合同》的要求，申请人交纳相关费用的 50% ，以保证认证前期工作的正常开展。 3) 申请人委派内部检查员（生产、加工各1人）配合认证工作，并进一步准备相关材料。 4) 所有材料均使用书面文件和电子文件各一份，拷贝给分中心。审查1) 分中心对申请人及其材料进行综合审查。
2) 分中心将审核意见和申请人的全部材料拷贝给认证中心。 3) 认证中心审查并做出“何时”进行检查的决定。 4) 当 审查不合格，认证中心通知申请人且当年不再受理其申请。实地检查评估1) 全部材料审查合格以后，认证中心派出有资质的检查员；
2) 检查员应从认证中心或分中心处取得申请人相关资料，依据本准则的要求，对申请人的 质量管理体系、生产过程控制体系、追踪体系以及产地、生产、加工、仓储、运输、贸易等进行实地检查评估。 3) 必要时，检查员需对土壤、产品抽样，由申请人将样品送指定的质检机构检测。编写检查报告1) 检查员完成检查后，按认证中心要求编写检查报告。
2) 检查员在检查完成后两周内将检查报告送达认证中心。综合审查评估意见1) 认证中心根据申请人提供的申请表、调查表等相关材料以及检 查员的检查报告和样品检验报告等进行综合审查评估，编制颁证评估表。
2) 提出评估意见并报技术委员会审议。认证决定人员／技术委员会决议认证决定人员 对申请人的基本情况调查表、检查员的检查报告和认证中心的评估意见等材料进行全面审查，做出 同意颁证、有条件颁证、转换颁证或拒绝颁证的决定 。 证书有效期为一年。
当申请项目较为复杂（如养殖、渔业、加工等项目）时，或在一段时间内（如6个月）， 召开技术委员会工作会议，对相应项目作出认证决定： 认证决定人员／技术委员会成员与申请人如有直接或间接经济利益关系，应回避。 1) 同意颁证。申请内容完全符合食品标准，颁发食品证书。 2) 有条件颁证。申请内容基本符合食品标准，但某些方面尚需改进，在申请人书面承诺按要求进行改进以后，亦可颁发食品证书。3) 转换颁证。申请人的基地进入转换期一年以上，并继续实施转换计划，颁发转换基地证书。从转换基地收获的产品，按照方式加工，可作为转换产品，即“转换期食品”销售。
4) 拒绝颁证。申请内容达不到食品标准要求，技术委员会拒绝颁证，并说明理由。
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